La tradition tient à restituer à Sainte-Marie son vrai nom Nosy Boraha. L'histoire veut de son côté lui attribuer son appellation actuelle, qu'elle doit aux missionnaires, affirment les uns, aux navigateurs portugais du XVIè siècle, soutiennent les autres. Chercheurs, historiens, académiciens, se perdent en conjectures sur cette île sortie de l'océan, à une quarantaine de kilomètres de la Grande Terre, étalant son sol granitique et cristallin sur une longueur d'un soixantaine de kilomètres et une largeur dix fois moindre.

Certaines traditions affirment que les premiers habitants seraient des juifs, de la descendance d'Abraham. Une chronique de Flacourt atteste cette thèse. Il écrit notamment: "Ceux que j'estime être venus les premiers à Madagascar, ce sont les Zafin'Ibrahim ou gens de la lignée d'Abraham, qui habitent l'île Sainte-Marie et les terres voisines. Ils célèbrent et chôment le samedi, non le vendredi comme les Maures, et n'ont aucun nom semblable à ceux que portent ces derniers, ce qui me fait croire que leurs ancêtres sont passés en cette île dès les premières transmigrations des Juifs, ou qu'ils sont descendus des plus anciennes familles des Ismaélites dès avant la captivité de Babylone ou de ceux qui pouvaient être restés dans l'Egypte avant la sortie des enfants d'Israël."

L'île est mentionnée sous le nom de Nosy-Hibrahim, sur certaines cartes très anciennes. Ainsi, il est historiquement établi que dès la plus haute antiquité, des Juifs du Yemen ont fréquenté la côte orientale d'Afrique, les Comores et le Nord de Madagascar, mais si leurs descendants se sont mêlés aux populations malgaches, il ne subsiste plus rien aujourd'hui des quelques coutumes ou traditions judaïques anciennes.

Le nom de Nosy Boraha, l'île le doit aux Malgaches eux-mêmes. Selon la légende, Boraha était un homme qui, voguant en pirogue, a vu sa frêle embarcation entraînée au loin par une baleine. Miraculeusement, elle fut ramenée vers l'île par un dauphin. Serait-ce là, une réminiscence hébraïque rappelant l'histoire de Jonas et la baleine? La légende présente en tout cas, bien des similitudes avec le récit biblique. On sait, par ailleurs, que des navigateurs occidentaux touchèrent l'île Sainte-Marie vers la fin du XVè siècle. Ce fut le cas de l'Amiral Cornelis dont la flotte y jeta l'ancre en Janvier 1596. On doit au chroniqueur De Constantin, la description suivante de l'île et de ses habitants: "Les hommes avaient quatre longues javelines garnies de pointes d'argent. Les femmes étaient vêtues de toile rayée de petites barres dont elles avaient un corps de jupe et une robe qui leur descendait au milieu du gras de la jambe. Les hommes n'avaient qu'un vêtement fort adroitement tissé de quelques herbes (rabane) de diverses couleurs. Ils portaient chacun un roseau avec de l'eau salée. C'étaient de grands hommes, puissants, tels que sont communément tous ceux de cette île. Ils ont de grand boucliers de bois dont ils se Leurs armes sont des petites javelines d'un bois très dur de la longueur de douze ou treize pieds, mais pas de plus d'un pouce d'épaisseur. couvrent tout entier lorsqu'ils se baissent, en sorte qu'on ne peut voir qu'une partie de leurs pieds. L'île a de longueur du nord au sud environ un degré. Le paysage est agréable. Elle est remplie de grands arbres très beaux et très verts. Le terrain est fort haut, mais en naviguant le long de la côte, on vit qu'elle était séparée en deux îles..."

On est débiteur des marins hollandais du récit d'une chasse à la baleine par les Saint-Mariens, en 1598: "Montés dans leurs pirogues, ils allaient là où apparaissait une baleine et, s'approchant tout près, ils lui lançaient un hameçon de fer attaché à une corde faite de fibres d'écorce d'arbre, puis ils l'irritaient et la fatiguaient, en imprimant à cette corde des secousses violentes et fréquentes; la bête se débattait avec rigueur et faisait bouillonner la mer; les indigènes, cédant à ses mouvements, lui rendaient de la corde dont l'autre bout était fortement fixé à la pirogue.

Lorsque la baleine très affaiblie, flottait à la surface de l'eau qui était teintée de son sang, les pêcheurs l'emmenaient facilement où ils voulaient. Ils la partageaient en morceaux dont chacun emportait ce qu'il pouvait."